2024-2025

Avenue Victor Maistriau 8a
7000 Mons

Fiche ects de l'unité d'enseignement #2362 intitulée :

Sequençage nouvelle génération

Master en Sciences de l'Ingénieur industriel orientation Life data technologies / Cycle 2 Bloc 1

Informations

Responsable d'UE : John RIVIERE

Bloc : MA1 LDT

Période : 2^e quadrimestre

Durée : 30 h

Crédits : 3 ects

UE Prérequises : aucune

UE Corequises : aucune

Activité d'apprentissage (AA)

Initiation aux NGS : 30 h, John RIVIERE

Connaissances et compétences préalables

Notions de biologie moléculaire et génie génétique.

Contribution aux objectifs de développement durable

Objectif 15 : Préserver et restaurer les écosystèmes terrestres, en veillant à les exploiter de façon durable, gérer durablement les forêts, lutter contre la désertification, enrayer et inverser le processus de dégradation des sols et mettre fin à l’appauvrissement de la biodiversité

15.1 D’ici à 2020, garantir la préservation, la restauration et l’exploitation durable des écosystèmes terrestres et des écosystèmes d’eau douce et des services connexes, en particulier les forêts, les zones humides, les montagnes et les zones arides, conformément aux obligations découlant des accords internationaux.
15.9 D’ici à 2020, intégrer la protection des écosystèmes et de la biodiversité dans la planification nationale, dans les mécanismes de développement, dans les stratégies de réduction de la pauvreté et dans la comptabilité.

Contribution aux objectifs du référentiel de compétences de l'ARES

Acquis d'apprentissage spécifiques

- Comprendre les principes fondamentaux du Séquençage Nouvelle Génération (NGS)
- Comprendre les différentes technologies disponibles aujourd’hui (Illumina, IonTorrent,…)
- Comprendre les bases des protocoles (matériel de départ, construction des librairies, séquençage, validation
des résultats, interprétation,…)

Contenu de l'AA

(1) Rappel des notions de base de manipulation d’ADN, construction de librairies,…
(2) Présentation des nouvelles méthodes de séquençage d’ADN:
(2.1) La méthode de séquençage par détection de protons («Post-light» Ion Torrent technologie)
(2.2) La méthode de séquençage par synthèse, terminateurs réversibles (Illumina et Qiagen)
(2.3) Les techniques Pacific Biosciences et Oxford Nanopore
(3) Applications :
(3.1) Réalisation d'un séquençage ciblé sur une plateforme Illumina MiSeq (extraction d'ADN, PCR cible, Index PCR, sequençage).

Répartition des heures

5 h de théorie, 15 h d'exercices/Labos, 5 h de travaux, 5 h de séminaires

Méthodes d'enseignement

Cours magistral, travaux de groupes, activités pédagogiques extérieures, étude de cas, utilisation de logiciels

Langues d'enseignement

Français, anglais

Supports

Copies de présentations, notes de cours, protocoles de laboratoires

Ressources bibliographiques

Les ressources bibliographiques sont reprises dans les notes de cours.

Évaluation et pondération

Méthode d'évaluation : note globale à l'UE

Langues d'évaluation : français

Modalités d'évaluation :

- Examen écrit : travail de groupe sur base d'une étude de cas (les consignes de rédaction seront fournies aux étudiants). Représente 70 % de la note finale.

- Présentation orale le jour de l'examen afin de défendre le rapport d'étude de cas (des membres extérieurs pourraient être invités lors de cette présentation). Représente 30 % de la note finale.