2024-2025
Avenue Victor Maistriau 8a
7000 Mons
Fiche ects de l'unité d'enseignement #2185 intitulée :
Séquencage nouvelle génération
Bachelier en Biotechnique / Bloc 3
- option Bioinformatique
Informations
Responsable d'UE : David COORNAERT
Bloc : BIO3
Période : 1er quadrimestre
Durée : 70 h
Crédits : 6 ects
UE Prérequises : aucune
UE Corequises :
- Service web bioinformatique
Activités d'apprentissage (AA)
- Exploitation des ressources bioinformatiques : 35 h, David COORNAERT
- Algorithmes du séquençage haut débit : 35 h, David COORNAERT
Connaissances et compétences préalables
-
Contribution aux objectifs du référentiel de compétences de l'ARES
- Communiquer et informer
- Mener une discussion, argumenter et convaincre de manière constructive
- Utiliser le vocabulaire adéquat
- Présenter des prototypes de solution et d’application techniques
- Utiliser une langue étrangère
- Collaborer à la conception, à l’amélioration et au développement de projets techniques
- Elaborer une méthodologie de travail
- Planifier des activités
- Analyser une situation donnée sous ses aspects techniques et scientifiques
- Rechercher et utiliser les ressources adéquates
- Proposer des solutions qui tiennent compte des contraintes
- S’engager dans une démarche de développement professionnel
- Développer une pensée critique
- Travailler tant en autonomie qu’en équipe dans le respect de la structure de l’environnement professionnel
- S’inscrire dans une démarche de respect des réglementations
- Respecter les normes, les procédures et les codes de bonne pratique
- Apporter les solutions techniques en réponse aux questionnements spécifiques dans le domaine biologique
- Exploiter les connaissances de base des sciences du vivant.
- Analyser les besoins matériels et les mettre en oeuvre.
- Préparer l’analyse et l’exploitation des résultats des dispositifs de collecte de données
- Maîtriser les outils informatiques et bioinformatiques et en assurer une veille technologique
- Mettre en place et gérer les droits d’accès des utilisateurs sur une plate‐forme bioinformatique
- Installer et mettre à jour les suites de logiciels bioinformatiques
- Identifier les spécificités des logiciels bioinformatiques, adapter leurs paramètres et exploiter leurs fonctionnalités
- Maintenir, répliquer, accéder aux bases de données biologiques et assurer leur sécurité
- Assurer la fonctionnalité des appareillages
- Maintenir et exploiter un réseau informatique
- Choisir les moyens ou méthodes d’acquisition et de transmission de données adéquates
Acquis d'apprentissage spécifiques
capacité à définir le processus adéquat pour traiter des données NGS dans le cadre d'une recherche en particulier
aptitude à exploiter les ressources existantes pour les intégrer à un projet de recherche
Contenu des AA
Exploitation des ressources bioinformatiques
Le séquençage nouvelle génération (NGS) s'insinue dans tout les pans de la recherche biologique, les banques de données sont engorgées journalièrement de ce nouveau type de données dans leur différentes phases de maturation ; données brutes, filtrées, nettoyées, assemblées, corrigées.
Nous allons adresser ces questions en puisant abondamment au sein des banques afin de répéter les différentes étapes de finalisation allant des données brutes initiales pour finir par un résultat d'analyse complet : génome complet, analyse des variations dans le profil d'expression par exemple. Nous allons "rejouer" les travaux effectués lors des stages/TFEs des étudiants des années précédentes lorsque les dites données sont rendues publiques.
Algorithmes du séquençage haut débit
L'avénement des nouvelles techniques de séquençage a inversé la manière dont les biologistes assemblaient les "séquences" obtenues en un tout : "le génome".
Ces nouvelles technologies ont aussi implanté le "séquençage" dans des recherches qui n'ont pas pour visée d'établir un "génome", mais plutot par exemple d'explorer les proportions des différentes espèces dans un milieu donné (métagénomique), de comparer les niveaux d'expression des gènes (transcriptomique) entre des tissus différents, malades ou sains, après et sans traitement par exemple.
Selon la visée de la recherche particulière en question, les données de séquençage devront être utilisées différemment, nécessitant des outils informatiques algorithmiques différents, que nous allons découvrir.
Répartition des heures
Exploitation des ressources bioinformatiques : 10 h de théorie, 25 h d'exercices/Labos
Algorithmes du séquençage haut débit : 10 h de théorie, 25 h d'exercices/Labos
Méthodes d'enseignement
Exploitation des ressources bioinformatiques : cours magistral, approche par projets, approche par situation problème, étude de cas, utilisation de logiciels
Algorithmes du séquençage haut débit : cours magistral, travaux de groupes, approche par projets, approche par situation problème, étude de cas, utilisation de logiciels
Langues d'enseignement
Exploitation des ressources bioinformatiques : français
Algorithmes du séquençage haut débit : français
Supports
Exploitation des ressources bioinformatiques : copies de présentations, notes d'exercices
Algorithmes du séquençage haut débit : copies de présentations, notes d'exercices
Ressources bibliographiques
Exploitation des ressources bioinformatiques
-
Algorithmes du séquençage haut débit
-
Évaluation et pondération
Méthode d'évaluation : note aux AA
Langues d'évaluation :
- Exploitation des ressources bioinformatiques : français
- Algorithmes du séquençage haut débit : français
Pondération par AA :
- Exploitation des ressources bioinformatiques : 50 %
- Algorithmes du séquençage haut débit : 50 %
Modalités d'évaluation :
Exploitation des ressources bioinformatiques :
examen oral avec exercice pratique
Algorithmes du séquençage haut débit :
examen oral avec exercice pratique