2024-2025
Avenue Victor Maistriau 8a
7000 Mons
Fiche ects de l'unité d'enseignement #2184 intitulée :
Service web bioinformatique
Bachelier en Biotechnique / Bloc 3
- option Bioinformatique
Informations
Responsable d'UE : David COORNAERT
Bloc : BIO3
Période : 1er quadrimestre
Durée : 98 h
Crédits : 7 ects
UE Prérequises : aucune
UE Corequises : aucune
Activités d'apprentissage (AA)
- Compléments de techniques bioinformatiques 2 : 34 h, David COORNAERT
- Outils de développement web : 64 h, Raphaël HACQUIN
Connaissances et compétences préalables
-
Contribution aux objectifs du référentiel de compétences de l'ARES
- Communiquer et informer
- Choisir et utiliser les moyens d’informations et de communication adaptés
- Utiliser le vocabulaire adéquat
- Présenter des prototypes de solution et d’application techniques
- Collaborer à la conception, à l’amélioration et au développement de projets techniques
- Elaborer une méthodologie de travail
- Planifier des activités
- Analyser une situation donnée sous ses aspects techniques et scientifiques
- Rechercher et utiliser les ressources adéquates
- Proposer des solutions qui tiennent compte des contraintes
- S’engager dans une démarche de développement professionnel
- Prendre en compte les aspects éthiques et déontologiques
- S’informer et s’inscrire dans une démarche de formation permanente
- Développer une pensée critique
- Travailler tant en autonomie qu’en équipe dans le respect de la structure de l’environnement professionnel
- S’inscrire dans une démarche de respect des réglementations
- Participer à la démarche qualité
- Respecter les normes, les procédures et les codes de bonne pratique
- Apporter les solutions techniques en réponse aux questionnements spécifiques dans le domaine biologique
- Exploiter les connaissances de base des sciences du vivant.
- Analyser les besoins matériels et les mettre en oeuvre.
- Assurer la planification, la confidentialité et la maintenance de l’ensemble des solutions biotechniques.
- Maîtriser les outils informatiques et bioinformatiques et en assurer une veille technologique
- Mettre en place et gérer les droits d’accès des utilisateurs sur une plate‐forme bioinformatique
- Installer et mettre à jour les suites de logiciels bioinformatiques
- Identifier les spécificités des logiciels bioinformatiques, adapter leurs paramètres et exploiter leurs fonctionnalités
- Assurer la fonctionnalité des appareillages
- Maintenir et exploiter un réseau informatique
- Administrer les serveurs web et de bases de données
Acquis d'apprentissage spécifiques
Cette UE est probablement la plus satisfaisante pour les étudiants, elle est l'aboutissement de tout un processus de découvertes successives qu'il s'agit maintenant d'assembler en un tout cohérent.
capacité à identifier et à mettre en oeuvre l'ensemble des besoins impliqués par un projet professionnel, nécessitant un interface utilisateur type WEB.
Contenu des AA
Compléments de techniques bioinformatiques 2
Ce cours vise essentiellement à compléter les autres cours en apportant les techniques permettant de relier les activités vues préalablement.
Administration d'un serveur MySQL, interrogation d'un serveur MySQL par un programme et création de graphiques/figures via un programme. Création de workflows
Outils de développement web
Ce cours fait suite aux cours introduisant l'html et le css du bloc2.
Il s'agit ici non plus de se focaliser sur les aspects "esthétiques" de l'HTML, mais de concevoir des systèmes réactifs, coté serveur, présentant aux utilisateurs des pages web dynamiques et exposant des services bioinformatiques disponibles sur le dit serveur au travers d'un interface WEB en découvrant les notions de CGI et Ajax, et SOAP.
Répartition des heures
Compléments de techniques bioinformatiques 2 : 10 h de théorie, 24 h d'exercices/Labos
Outils de développement web : 30 h de théorie, 34 h d'exercices/Labos
Méthodes d'enseignement
Compléments de techniques bioinformatiques 2 : travaux de groupes, approche par projets, approche interactive, approche avec TIC, étude de cas, utilisation de logiciels
Outils de développement web : cours magistral, approche par projets, approche interactive, approche par situation problème, étude de cas
Langues d'enseignement
Compléments de techniques bioinformatiques 2 : français
Outils de développement web : français
Supports
Compléments de techniques bioinformatiques 2 : notes d'exercices
Outils de développement web : -
Ressources bibliographiques
Compléments de techniques bioinformatiques 2
ce cours finalise l'assemblage des diiférents outils découverts, l'objectif principal est la mise en oeuvre de "workflow" assemblant les éléments rencontrés tel que Mariadb, apache et Blast en une "application" résolvant une question donnée.
Outils de développement web
Ce cours se focalise sur l'interaction client/serveur. Il s'agit ici de dépasser les éléments de bases des pages Web (html css) mais bien de se focaliser sur la création de pages réactives emmenant le "client" utilisateur par la main en lui proposant des choix dirigés par les interactions précédentes. Pour cela le CGI, les interactions python-Mysql et la persistence des données seront étudiés afin de parvenir à proposer de véritables WEB-services permettant d'exporter des ressources locales, tant logicielles que de données vers un client distant au travers du web.
Les protocoles type "SOAP" seront également utilisés lorsque le service sera complet permettant alors l'automatisation de l'interaction, ç-à-d remplacé l'individu client par un programme client pouvant exécuter de nombreuses taches répétitives sans l'intervention humaine.
Évaluation et pondération
Méthode d'évaluation : note aux AA
Langues d'évaluation :
- Compléments de techniques bioinformatiques 2 : français
- Outils de développement web : français
Pondération par AA :
- Compléments de techniques bioinformatiques 2 : 40 %
- Outils de développement web : 60 %
Modalités d'évaluation :
Compléments de techniques bioinformatiques 2 :
Examen pratique 50%
Examen oral 50%
Outils de développement web :
Évaluation continue 30% incluant un travail à présenter en milieu de période
Examen théorique et pratique 70%; essentiellement pratique, il s'agit de présenter un travail réalisé progressivement lors des cours et de pouvoir répondre à des questions parfois théoriques y afférant.