2024-2025
Avenue Victor Maistriau 8a
7000 Mons
Fiche ects de l'unité d'enseignement #2366 intitulée :
Annotation d'un génome
Master en Sciences de l'Ingénieur industriel orientation Life data technologies / Cycle 2 Bloc 1
Informations
Responsable d'UE : Thomas SIMON
Bloc : MA1 LDT
Période : 2e quadrimestre
Durée : 30 h
Crédits : 3 ects
UE Prérequises : aucune
UE Corequises : aucune
Activité d'apprentissage (AA)
- Annotation d'un génome : études de cas : 30 h, Thomas SIMON
Connaissances et compétences préalables
Utilisation et Administration de Unix
Anglais
Sequencage Nouvelle Génération, Analyse d'un génome
Contribution aux objectifs du référentiel de compétences de l'ARES
-
Acquis d'apprentissage spécifiques
Traiter, analyser et évaluer les annotations par structures et fonctions de génomes prokaryotique via des logiciels et pipelines (NCBI annotation, Prokka, EggNOG-mppe, Artemis)
Traiter, analyser et évaluer les annotations par structures et fonctions de génomes Eukaryotique via des logiciels et pipelines (Maker, Busco, Jbrowse)
Utiliser des resources en ligne tel que Galaxy Project pour automatiser et maintenir une reproductibilité.
Contenu de l'AA
Utiliser des jeux de donnees de Mycoplasma genitalium, pour les traiter, analyser et évaluer
via des logiciels et pipelines (NCBI annotation, Prokka, EggNOG-mapper, Artemis)
Utiliser des jeux de donnees de Schizosaccharomyces pombe, pour les traiter, analyser et evaluer
via des logiciels et pipelines (Maker, Busco, Jbrowse)
Répartition des heures
8 h de théorie, 12 h d'exercices/Labos, 10 h de travaux
Méthodes d'enseignement
Cours magistral, travaux de groupes, étude de cas, utilisation de logiciels
Langues d'enseignement
Français, anglais
Supports
Copies de présentations, notes de cours, tuto en ligne (github et galaxyproject)
Ressources bibliographiques
Prokka; 10.1093/bioinformatics/btu153
eggNOG-mapper; https://doi.org/10.1101/2021.06.03.446934
NCBI pipeline; https://doi.org/10.1093/nar/gkw569
Artemis; https://doi.org/10.1093/bioinformatics/16.10.944
Maker; https://doi.org/10.1186/1471-2105-12-491
Busco; https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btv351
Jbrowser; https://doi.org/10.1186/s13059-016-0924-1
Galaxy training; https://training.galaxyproject.org/training-material/topics/genome-annotation/tutorials/annotation-with-maker/tutorial.html
Github training; https://github.com/RVanDamme/Prokaryotic_annotation
Évaluation et pondération
Méthode d'évaluation : note globale à l'UE
Langues d'évaluation : français, anglais
Modalités d'évaluation :
Travail continu 40%, Non rémédiable
Présentation oral du travail de groupe 40%, rémédiable
Rapport ecrit du travail de groupe 20%, rémédiable