2024-2025
Avenue Victor Maistriau 8a
7000 Mons
Fiche ects de l'unité d'enseignement #1791 intitulée :
Modélisation bioinformatique
Bachelier en Biotechnique / Bloc 2
- option Bioinformatique
Informations
Responsable d'UE : David COORNAERT
Bloc : BIO2
Période : 2e quadrimestre
Durée : 94 h
Crédits : 7 ects
UE Prérequises : aucune
UE Corequises :
- Ressources bioinformatiques et implémentation locale
Activités d'apprentissage (AA)
- Modélisation des systèmes biologiques : 44 h, David COORNAERT, Raphaël HACQUIN
- Compléments de techniques bioinformatiques 1 : 50 h, David COORNAERT
Connaissances et compétences préalables
éléments de statistiques
Contribution aux objectifs du référentiel de compétences de l'ARES
- Communiquer et informer
- Utiliser le vocabulaire adéquat
- S’engager dans une démarche de développement professionnel
- Prendre en compte les aspects éthiques et déontologiques
- S’informer et s’inscrire dans une démarche de formation permanente
- Développer une pensée critique
- Apporter les solutions techniques en réponse aux questionnements spécifiques dans le domaine biologique
- Exploiter les connaissances de base des sciences du vivant.
- Maîtriser les outils informatiques et bioinformatiques et en assurer une veille technologique
- Installer et mettre à jour les suites de logiciels bioinformatiques
- Identifier les spécificités des logiciels bioinformatiques, adapter leurs paramètres et exploiter leurs fonctionnalités
Acquis d'apprentissage spécifiques
capacité à exploiter, assembler des génomes sur base des données brutes de séquençage, à en annoter (prédire la fonction) les constituants par l'usage de modèles informatiques.
Contenu des AA
Modélisation des systèmes biologiques
Les Hidden markov Models (HMM) ont pris une place importante et remarquable dans l'éventail des outils bioinformatiques. Ces objets informatiques se sont avérés très efficaces dans la plupart des aspects "recherche" de la bioinformatique.
Les apprenants découvriront les modes de fonctionnement théoriques des HMMs et du théorème de Bayes qui les soutient.
Ils expérimenteront la création d'HMM spécifiques à des familles de séquences biologiques et utiliseront ces modèles pour déterminer les fonctions probables de molécules inconnues.
Compléments de techniques bioinformatiques 1
Ce cours se focalise sur le traitements des données de séquençage.
Il portera sur les méthodes logicielles, les algorithmes, utilisés lors de la phase d'assemblage,
ainsi que sur les techniques de séquençages elles-mêmes.
Il inclut également l'installation d'outils complémentaires facilitant l'usage de emboss.
Répartition des heures
Modélisation des systèmes biologiques : 24 h de théorie, 20 h d'exercices/Labos
Compléments de techniques bioinformatiques 1 : 20 h de théorie, 30 h d'exercices/Labos
Méthodes d'enseignement
Modélisation des systèmes biologiques : cours magistral, approche par projets, approche interactive, approche par situation problème, utilisation de logiciels
Compléments de techniques bioinformatiques 1 : cours magistral, approche par projets, étude de cas, utilisation de logiciels
Langues d'enseignement
Modélisation des systèmes biologiques : français
Compléments de techniques bioinformatiques 1 : français
Supports
Modélisation des systèmes biologiques : copies de présentations
Compléments de techniques bioinformatiques 1 : -
Ressources bibliographiques
Modélisation des systèmes biologiques
-
Compléments de techniques bioinformatiques 1
-
Évaluation et pondération
Méthode d'évaluation : note aux AA
Langues d'évaluation :
- Modélisation des systèmes biologiques : français
- Compléments de techniques bioinformatiques 1 : français
Pondération par AA :
- Modélisation des systèmes biologiques : 50 %
- Compléments de techniques bioinformatiques 1 : 50 %
Modalités d'évaluation :
Modélisation des systèmes biologiques :
Examen pratique 50%
Examen oral 50%
Compléments de techniques bioinformatiques 1 :
Examen oral 50%
Examen pratique 50%