Département des Sciences et technologies

2024-2025

Avenue Victor Maistriau 8a
7000 Mons

Fiche ects de l'unité d'enseignement #1786 intitulée :

Ressources bioinformatiques et implémentation locale

Bachelier en Biotechnique / Bloc 2
- option Bioinformatique

Informations

Responsable d'UE : David COORNAERT

Bloc : BIO2

Période : 1er quadrimestre

Durée : 110 h

Crédits : 8 ects

UE Prérequises : aucune

UE Corequises :

  • Techniques Bioinformatiques

Activités d'apprentissage (AA)

Connaissances et compétences préalables

-

Contribution aux objectifs du référentiel de compétences de l'ARES

Acquis d'apprentissage spécifiques

Au cours de ce cycle de formations, les apprenants parviendront à mettre un place un système linux à vocation bioinformatique, a y implanter une partie des banques de données majeures et à les rendre accessibles au travers de différents systèmes bioinformatiques.

Contenu des AA

Systèmes d'exploitation

Installation d'un serveur linux Gentoo

Installation de services bioinformatiques, et des outils de base de la discipline.

Biostatistiques

  • Statistique descriptive à 1 dimension.
  • Notions sur le calcul de probabilités et les lois de probabilités.
  • Inférence statistique - partie 1: échantillonnage, estimation, estimateurs, intervalles de confiance.
  • Inférence statistique - partie 2: tests d'hypothèses.
  • Statistique descriptive à deux dimensions: régression linéaire et corrélation.
  • Introduction au logiciel statistique R.

Banques et indexation des données biologiques

Les banques de données biologiques sont volumineuses et nécessitent d'être explorées préalablement, afin de permettre à leurs utilisateurs d'aller retrouver une ou des données en particulier parmi des centaines de millions.

Les apprenants auront à concevoir un système permettant d'aller rechercher rapidement un élément particulier (une gène donné) dans une série de fichiers englobant chacun des dizaines de milliers de séquences d'ADN ou d'autres objets biologiques. (fraction faible des banques biologiques pour garder ce travail réalisable sur un ordinateur personnel non spécialisé)

Les avantages et inconvénients des systèmes d'indexation préexistants seront découverts et expérimentés.

Répartition des heures

Systèmes d'exploitation : 5 h de théorie, 45 h d'exercices/Labos

Biostatistiques : 15 h de théorie, 15 h d'exercices/Labos

Banques et indexation des données biologiques : 10 h de théorie, 20 h d'exercices/Labos

Méthodes d'enseignement

Systèmes d'exploitation : cours magistral, approche interactive, étude de cas, utilisation de logiciels

Biostatistiques : cours magistral, approche par situation problème, utilisation de logiciels

Banques et indexation des données biologiques : travaux de groupes, approche par projets, approche avec TIC, étude de cas, utilisation de logiciels

Langues d'enseignement

Systèmes d'exploitation : français

Biostatistiques : français

Banques et indexation des données biologiques : français

Supports

Systèmes d'exploitation : notes d'exercices

Biostatistiques : copies de présentations, notes de cours, notes d'exercices

Banques et indexation des données biologiques : notes de cours, notes d'exercices, protocoles de laboratoires

Ressources bibliographiques

Systèmes d'exploitation

https://wiki.gentoo.org/wiki/Handbook:AMD64

http://wemboss.sourceforge.net/

Biostatistiques

Poinsot D., 2004. Statistiques pour statophobes. [en ligne : http://perso.univ-rennes1.fr/denis.poinsot]

Motulsky Harvey J., 2019. Biostatistique - Une approche intuitive., 3e Edition, De Boeck Supérieur.

Banques et indexation des données biologiques

http://emboss.sourceforge.net/

Évaluation et pondération

Méthode d'évaluation : note aux AA

Langues d'évaluation :

Pondération par AA :

  • Systèmes d'exploitation : 40 %
  • Biostatistiques : 30 %
  • Banques et indexation des données biologiques : 30 %

Modalités d'évaluation :

Systèmes d'exploitation :

Examen pratique 90%
Examen oral 10%

Biostatistiques :

Examen écrit 100%

Banques et indexation des données biologiques :

Examen pratique 100%