2025-2026
Avenue Victor Maistriau 8a
7000 Mons
Fiche ects de l'unité d'enseignement #2366 intitulée :
Master en Sciences de l'Ingénieur industriel orientation Life data technologies / Cycle 2 Bloc 1
Responsable d'UE : Thomas SIMON
Bloc : MA1 LDT
Période : 2e quadrimestre
Durée : 30 h
Crédits : 3 ects
Utilisation et Administration de Unix
Anglais
Sequencage Nouvelle Génération, Analyse d'un génome
Traiter, analyser et évaluer les annotations par structures et fonctions de génomes prokaryotique via des logiciels et pipelines (NCBI annotation, Prokka, EggNOG-mppe, Artemis)
Traiter, analyser et évaluer les annotations par structures et fonctions de génomes Eukaryotique via des logiciels et pipelines (Maker, Busco, Jbrowse)
Utiliser des resources en ligne tel que Galaxy Project pour automatiser et maintenir une reproductibilité.
Utilisation des jeux de données de génomes d’eucaryotes disponible sur Ensembl, pour les traiter, analyser et évaluer via des logiciels et des pipelines (NCBI annotation, Ensembl, IGV, Exonerate…)
8 h de théorie, 12 h d'exercices/Labos, 10 h de travaux
Cours magistral, travaux de groupes, étude de cas, utilisation de logiciels
Français, anglais
Copies de présentations, notes de cours, tuto en ligne (github et galaxyproject)
Prokka; 10.1093/bioinformatics/btu153
eggNOG-mapper; https://doi.org/10.1101/2021.06.03.446934
NCBI pipeline; https://doi.org/10.1093/nar/gkw569
Artemis; https://doi.org/10.1093/bioinformatics/16.10.944
Maker; https://doi.org/10.1186/1471-2105-12-491
Busco; https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btv351
Jbrowser; https://doi.org/10.1186/s13059-016-0924-1
Galaxy training; https://training.galaxyproject.org/training-material/topics/genome-annotation/tutorials/annotation-with-maker/tutorial.html
Github training; https://github.com/RVanDamme/Prokaryotic_annotation
Ensembl: 10.1093/nar/30.1.38
Exonerate: https://doi.org/10.1186/1471-2105-6-31
Méthode d'évaluation : note globale à l'UE
Langues d'évaluation : français, anglais
Travail continu 40%, Non rémédiable
Présentation oral du travail de groupe 40%, rémédiable
Rapport ecrit du travail de groupe 20%, rémédiable