Département des Sciences et technologies

2025-2026

Avenue Victor Maistriau 8a
7000 Mons

Fiche ects de l'unité d'enseignement #2366 intitulée :

Annotation d'un génome

Master en Sciences de l'Ingénieur industriel orientation Life data technologies / Cycle 2 Bloc 1

Informations

Responsable d'UE : Thomas SIMON

Bloc : MA1 LDT

Période : 2e quadrimestre

Durée : 30 h

Crédits : 3 ects

UE Prérequises : aucune

UE Corequises : aucune

Activité d'apprentissage (AA)

Connaissances et compétences préalables

Utilisation et Administration de Unix

Anglais

Sequencage Nouvelle Génération, Analyse d'un génome

Contribution aux objectifs du référentiel de compétences de l'ARES

Acquis d'apprentissage spécifiques

Traiter, analyser et évaluer les annotations par structures et fonctions de génomes prokaryotique via des logiciels et pipelines (NCBI annotation, Prokka, EggNOG-mppe, Artemis)

Traiter, analyser et évaluer les annotations par structures et fonctions de génomes Eukaryotique via des logiciels et pipelines (Maker, Busco, Jbrowse)

Utiliser des resources en ligne tel que Galaxy Project pour automatiser et maintenir une reproductibilité.

Contenu de l'AA

Utilisation des jeux de données de génomes d’eucaryotes disponible sur Ensembl, pour les traiter, analyser et évaluer via des logiciels et des pipelines (NCBI annotation, Ensembl, IGV, Exonerate…)

Répartition des heures

8 h de théorie, 12 h d'exercices/Labos, 10 h de travaux

Méthodes d'enseignement

Cours magistral, travaux de groupes, étude de cas, utilisation de logiciels

Langues d'enseignement

Français, anglais

Supports

Copies de présentations, notes de cours, tuto en ligne (github et galaxyproject)

Ressources bibliographiques

Prokka; 10.1093/bioinformatics/btu153

eggNOG-mapper; https://doi.org/10.1101/2021.06.03.446934

NCBI pipeline; https://doi.org/10.1093/nar/gkw569

Artemis; https://doi.org/10.1093/bioinformatics/16.10.944

Maker; https://doi.org/10.1186/1471-2105-12-491

Busco; https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btv351

Jbrowser; https://doi.org/10.1186/s13059-016-0924-1

Galaxy training; https://training.galaxyproject.org/training-material/topics/genome-annotation/tutorials/annotation-with-maker/tutorial.html
Github training; https://github.com/RVanDamme/Prokaryotic_annotation

Ensembl: 10.1093/nar/30.1.38

Exonerate: https://doi.org/10.1186/1471-2105-6-31

IGV: https://doi.org/10.1038/nbt.1754

Évaluation et pondération

Méthode d'évaluation : note globale à l'UE

Langues d'évaluation : français, anglais

Modalités d'évaluation :

Travail continu 40%, Non rémédiable

Présentation oral du travail de groupe 40%, rémédiable

Rapport ecrit du travail de groupe 20%, rémédiable