Akay, series Editor, 2003- MRI: from picture to proton, Donald W. Mc Robbie, Elisabeth A. Moore, Martin J. Graves, Martin R. Prince, second edition, Cambridge University Press, 2007- Molecular and cellular MR Imaging; Edited by Michel M.J. Modo, Jeff W.M. Bulte, CRC Press, 2007- Medical ultrasound imaging, J.A. Jensen, Prog. Biophys. Mol. Biol., 93, 153 (2007)- Molecular imaging of cancer with positron emission tomography, S.S. Gambhir, Nature Rev., 2, 683 (2002)

articles scientifiques sur l'imagerie

Communication dans la pratique hospitalière

•Reconnaître la communication comme besoin fondamental à l’être humain

•D’identifier chez soi et chez les autres les différentes dimensions de la communication

•D’identifier les obstacles à la communication

•De reconnaître les différentes émotions et comportements au travers la communication verbale et non verbale

•D’expliciter les différents facteurs influençant positivement la communication

•D’adapter son comportement non verbal pour aboutir à la congruence entre

–Les différentes dimensions de la communication non-verbale

–La communication verbale et non verbale

–

•D’adapter le langage et le mode de communication à l’interlocuteur et à la situation

•D’utiliser des outils de communication pour créer un climat adapté au type de relation

•De comprendre ce qui se passe dans la relation, comprendre l’autre en tant que personne.

•De recevoir et transmettre des informations.

Communication écrite

• Techniques de rédaction en vue de la préparation des rapports de stage et du TFE : analyse de différents écrits (spécificités des différentes parties d'un rapport de stage/TFE et réalisation d'un cahier des charges) ;
• Analyse de posters antérieurs, règles pour composer un bon poster + mise en pratique 
• Écrits académiques et scientifiques (le format IMRED, le langage scientifique, la vulgarisation, la mise en forme, capter l'attention du lecteur, qualités d'un bon titre...) + Règles essentielles pour rédiger un article synthétique ;
• Analyse d'un écrit scientifique et savoir résumer : mise en pratique
• Règles bibliographiques (normes, pertinence, …) ; citations et notes de bas de page ;
• Règles de rédaction : techniques de base en matière de mise en page (via Word, Powerpoint et/ou un autre logiciel de mise en page)+ Figures, tableaux, graphiques (automatisation) + écueils freinant la lecture ;
• Techniques de communication orale + techniques de préparation d'une présentation orale s'appuyant sur un Powerpoint de qualité ; 
• S'approprier son sujet de TFE (ou un sujet au choix), effectuer une recherche bibliographique de qualité et savoir le présenter 

Exercices d’expression écrite : préparation de textes, de rapports, travaux de rédaction et de mise en page, réalisation d'un poster.

Exercices d’expression orale : préparation de présentations et exercices de communication orale en lien avec les travaux écrits.

Communication dans la pratique hospitalière

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Communication écrite

- "Bien écrire, bien rédiger", Anne Spicher, Ellipses, 2011

- "Savoir rédiger", Larousse, 2014

- "Sciences de l'information et de la communication", Daniel Bougnoux, Paris, Larousse, 1993

- "Ecrire pour le web", Muriel Gani, éditions Dunod, 2018

- "Communication", Thierry Libaert, Editions Vuibert, 2018

- "Communicator, 8ème édition", Assaël Adary, Céline Mas, éditions Dunod, 2018

- "La Communication. De la transmission à la relation", Jean Lohisse. Ed. De Boeck. 4e édition, 2010

- "Le Grand livre du marketing digital", Rémy Marrone, 2018, éditions Dunod

- "Les outils de la communication écrite et visuelle", Jacques Bojin, 2010, éditions Eyrolles

Opération unitaires en génie biologique. 3. La fermentation. Pascal Chillet. Ref: 3309B227

Vue la rapide évolution des modules électroniques permettant d'implanter ces communications, les ressources bibliographiques sont disponibles sur l'Ecampus (moodle) dans la section Biobliographie.

Biologie évolutive (Thomas/ Lefèvre/ Raymond). DeBoeck supérieur 2016

Compléments de techniques bioinformatiques 2

Ce cours vise essentiellement à compléter les autres cours en apportant les techniques permettant de relier les activités vues préalablement. 

Administration d'un serveur MySQL, interrogation d'un serveur MySQL par un programme et création de graphiques/figures via un programme. Création de workflows

Outils de développement web

Ce cours fait suite aux cours introduisant l'html et le css du bloc2.

Il s'agit ici non plus de se focaliser sur les aspects "esthétiques" de l'HTML, mais de concevoir des systèmes réactifs, coté serveur, présentant aux utilisateurs des pages web dynamiques et exposant des services bioinformatiques disponibles sur le dit serveur au travers d'un interface WEB en découvrant  les notions de CGI et Ajax, et SOAP.

Compléments de techniques bioinformatiques 2

ce cours finalise l'assemblage des diiférents outils découverts, l'objectif principal est la mise en oeuvre de "workflow" assemblant les éléments rencontrés tel que Mariadb, apache et Blast en une "application" résolvant une question donnée.

Outils de développement web

Ce cours se focalise sur l'interaction client/serveur. Il s'agit ici de dépasser les éléments de bases des pages Web (html css) mais bien de se focaliser sur la création de pages réactives emmenant le "client" utilisateur par la main en lui proposant des choix dirigés par les interactions précédentes. Pour cela le CGI, les interactions python-Mysql et la persistence des données seront étudiés afin de parvenir à proposer de véritables WEB-services permettant d'exporter des ressources locales, tant logicielles que de données vers un client distant au travers du web.

Les protocoles type "SOAP" seront également utilisés lorsque le service sera complet permettant alors l'automatisation de l'interaction, ç-à-d remplacé l'individu client par un programme client pouvant exécuter de nombreuses taches répétitives sans l'intervention humaine.

Exploitation des ressources bioinformatiques

Le séquençage nouvelle génération (NGS) s'insinue dans tout les pans de la recherche biologique, les banques de données sont engorgées journalièrement de ce nouveau type de données dans leur différentes phases de maturation ; données brutes, filtrées, nettoyées, assemblées, corrigées.

Nous allons adresser ces questions en puisant abondamment au sein des banques afin de répéter les différentes étapes de finalisation allant des données brutes initiales pour finir par un résultat d'analyse complet : génome complet, analyse des variations dans le profil d'expression par exemple. Nous allons "rejouer" les travaux effectués lors des stages/TFEs des étudiants des années précédentes lorsque les dites données sont rendues publiques.

Algorithmes du séquençage haut débit

L'avénement des nouvelles techniques de séquençage a inversé la manière dont les biologistes assemblaient les "séquences" obtenues en un tout : "le génome".

Ces nouvelles technologies ont aussi implanté le "séquençage" dans des recherches qui n'ont pas pour visée d'établir un "génome", mais plutot par exemple d'explorer les proportions des différentes espèces dans un milieu donné (métagénomique), de comparer les niveaux d'expression des gènes (transcriptomique) entre des tissus différents, malades ou sains, après et sans traitement par exemple.

Selon la visée de la recherche particulière en question, les données de séquençage devront être utilisées différemment, nécessitant des outils informatiques algorithmiques différents, que nous allons découvrir.

Exploitation des ressources bioinformatiques

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Algorithmes du séquençage haut débit

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Électronique appliquée et traitement des signaux 3

Contenu — Électronique appliquée et traitement des signaux 3

1. Transistor JFET : structure, principe de fonctionnement, caractéristiques de transfert et de sortie, influence de la température, lecture des fiches techniques et dispersions ; polarisation élémentaire et automatique ; amplification petits signaux (modèle du transistor, schéma équivalent, résistances d'entrée et de sortie, montages source commune et drain commun).
2. Transistor MOSFET à enrichissement et à appauvrissement : structure, fonctionnement, courbes et grandeurs caractéristiques, précautions d'emploi (résistance d'entrée, décharges électrostatiques) ; applications.
3. Transistor ISFET : principe de sensibilité aux ions et application au pH-mètre électronique ; 
4. Filtres actifs — synthèse : filtres actifs et passifs, filtre idéal et filtre réel, gabarits (passe-bas, passe-haut, passe-bande, coupe-bande), normalisation et transposition de fréquence ; approximations de Butterworth, de Tchebychev et de Bessel (réponse en fréquence, fonction de transfert, ordre minimum, retard de groupe) via l'utilisation de logiciels.
5. Filtres actifs — réalisation : mise en cascade de cellules d'ordre 1 et 2, structures de Sallen-Key et de Rauch, propriétés des cellules du deuxième ordre ; principe des filtres à capacités commutées et leurs limitations.
6. Oscillateurs sinusoïdaux : conditions de Barkhausen ; oscillateurs à réseaux déphaseurs RC et à pont de Wien, stabilisation de l'amplitude ; oscillateurs LC (Colpitts, Hartley) ; propriétés et impédance du quartz, oscillateurs à quartz.
7. …

Transmission de données

Contenu — Transmission de données

1. Structure d'un système de transmission : source, émetteur, canal, récepteur ; notions de signal, de bruit et de rapport signal sur bruit ; bande de base et nécessité de la modulation.
2. Classification et caractérisation des signaux : signaux de durée finie, causaux, périodiques et non périodiques ; énergie et puissance moyenne.
3. Analyse spectrale : série et transformée de Fourier, formule de Parseval, densité spectrale ; 
4. Modulations analogiques : modulation d'amplitude (AM, DSB-SC, SSB), représentation spectrale, largeur de bande, puissance ; modulateurs et démodulateurs (détection d'enveloppe, démodulation cohérente) ; 
5. Transmission numérique : synoptique de la chaîne (codage, modulation, égalisation), signal NRZ, débit binaire et rapidité de modulation, taux d'erreur binaire (TEB), efficacité spectrale.
6. Modulations numériques : ASK/OOK, FSK, CPFSK, MSK, GMSK, BPSK, DBPSK, QPSK, M-PSK et QAM ; modulateurs et démodulateurs IQ ; constellations ; comparaison et critères de choix d'une modulation.
7. Éléments de radiofréquence : mélangeurs de fréquences (oscillateur local, fréquence intermédiaire, mélangeurs passifs et actifs, produits d'intermodulation).
8. Panorama des normes de transmission sans fil (Bluetooth, ZigBee, Wi-Fi, bandes ISM…) : bande, débit, portée, modulation utilisée et critères de sélection pour une application de mesure ou bioélectronique.
9. …

Électronique appliquée et traitement des signaux 3

1.          Van Valkenburg ME. Analog filter design. New York: Holt, Rinehart and Winston; 1982. 608 p. (HRW series in electrical and computer engineering).

2.          Floyd TL. Électronique : composants et systèmes d’application. 5e éd. Repentigny (Québec): Les Éditions Reynald Goulet. 1054 p.

3.          Blot J. Les transistors : éléments d’intégration des circuits analogiques. Paris: Dunod; 1995. 373 p.

4.          Millman J. Microelectronics: digital and analog circuits and systems. New York: McGraw-Hill; 1979. 881 p. (McGraw-Hill series in electrical engineering).

Transmission de données

1.          Lacoste R. B.A.-BA des mélangeurs de fréquences radio : tout ce qu’il faut savoir pour bien les choisir. Elektor. janv 2019;(1):105.

2.          Lacoste R. Bruit et sensibilité des récepteurs : une introduction. Elektor [Internet]. déc 2016 [cité 13 sept 2026]. Disponible sur: https://www.elektormagazine.fr/160307

3.          Rimlinger A. DBPSK ! OFDM ! Le sans fil dans tous ses états. Elektor. janv 2009;(1).

4.          Agilent Technologies. Digital modulation in communications systems: an introduction [Application note] [Internet]. Santa Clara (CA): Agilent Technologies; [cité 13 sept 2026]. Disponible sur:      https://www.keysight.com/us/en/assets/7018-09093/application-notes/5965-7160.pdf

5.          de Dieuleveult F, Romain O. Électronique appliquée aux hautes fréquences : principes et applications. 2e éd. Paris: Dunod; 2017. 552 p. (Technique et ingénierie).

6.          Lacoste R. Le filtrage numérique sans stress : les filtres CIC. Elektor [Internet]. mars 2016 [cité 13 sept 2026]. Disponible sur: https://www.elektormagazine.fr/150636

7.          Lacoste R. Modulations numériques : le B.A.-BA — GMSK, OQPSK, QAM, OFDM & Cie. Elektor. juill 2018;92‑8.

8.          McDermott T. Wireless digital communications: design and theory. Tucson (AZ): Tucson Amateur Packet Radio Corporation.

Régulation

>Partie théorique :
En présence d'une installation technique comportant une boucle de régulation l'étudiant sera capable :

• d'élaborer le schéma bloc ;
• d'analyser le fonctionnement et la stabilité (consigne, comparateur, régulateur, réglage capteurs…) ;
• d'analyser la réponse des systèmes régulés : constante de temps, temps de retard et temps de montée,… ;
• de décrire les types de régulateur et leur comportement : tout ou rien, proportionnel, intégral, dérivé;
• de justifier le choix d’un régulateur ;
• …

Laboratoire :
A partir de problèmes pratiques de régulation (par exemple: position, niveau, température, vitesse, débit,...), l'étudiant sera capable :

• d'élaborer le schéma bloc approprié par : une régulation analogique (ensemble comprenant capteur-sommateur-amplificateur-organe régulé analogiquement) ; 
• de réaliser la mise en œuvre et la mise au point ;
• de détecter des dysfonctionnements éventuels d'une installation et de poser un diagnostic ;
• …

IHM & Monitoring de systèmes bio-acquis

• Échange de données microcontrôleur ↔ ordinateur : liaison série sur USB, format des trames de mesure et de commande, détection des pertes de liaison.
• Analyse d'une bibliothèque PID embarquée : période d'échantillonnage, saturation et anti-emballement, modes automatique/manuel, modification des gains et de la consigne en fonctionnement.
• Construction d'une IHM par conception visuelle : composants d'affichage et de saisie, liaison événementielle entre l'interface et le code, réception du flux de données sans blocage de l'interface, affichage numérique et graphique en temps réel.
• Supervision de la boucle et traçabilité : affichage consigne/mesure/commande, enregistrement structuré des mesures et consultation de l'historique.
• Alarmes et sûreté d'utilisation : seuils, priorités, acquittement ; comportement en cas de défaillance ; justification des choix au regard des codes de bonne pratique.

Régulation

La liste ci-dessous constitue la bibliographie principale du cours : elle rassemble les ouvrages de référence, les articles fondateurs des méthodes enseignées et les publications biomédicales sur lesquelles s'appuient les études de cas. Ces sources sont citées dans le syllabus selon la norme Vancouver. Le syllabus mobilise en outre de nombreuses autres sources — articles indexés, fiches techniques, documents normatifs — référencées chapitre par chapitre et mises à disposition sur Moodle.

Certaines références sont anciennes à dessein : elles sont les textes d'origine de méthodes ou d'équations toujours en usage dans l'industrie et les fiches techniques (réglage de Ziegler-Nichols, équation de Steinhart-Hart). Elles sont systématiquement accompagnées d'une relecture récente qui en précise le domaine de validité.

Ouvrages de référence

1. Åström KJ, Murray RM. Feedback Systems: An Introduction for Scientists and Engineers. 2nd ed. Princeton (NJ): Princeton University Press; 2021. ISBN 978-0-691-19398-4. Édition électronique en accès libre : http://fbsbook.org
2. Franklin GF, Powell JD, Emami-Naeini A. Feedback Control of Dynamic Systems. 8th ed., Global ed. Harlow: Pearson; 2020. ISBN 978-1-292-27452-2.
3. Åström KJ, Hägglund T. Advanced PID Control. Research Triangle Park (NC): ISA; 2006. ISBN 978-1-55617-942-6.

Articles fondateurs des méthodes de réglage (texte d'origine, puis relecture moderne)

1. Ziegler JG, Nichols NB. Optimum settings for automatic controllers. Trans ASME. 1942;64:759-68. Réimpression : J Dyn Sys Meas Control. 1993;115(2B):220-2. doi:10.1115/1.2899060
2. Åström KJ, Hägglund T. Revisiting the Ziegler–Nichols step response method for PID control. J Process Control. 2004;14(6):635-50. doi:10.1016/j.jprocont.2004.01.002
3. Skogestad S. Simple analytic rules for model reduction and PID controller tuning. J Process Control. 2003;13(4):291-309. doi:10.1016/S0959-1524(02)00062-8

Instrumentation de la chaîne de mesure

1. Steinhart JS, Hart SR. Calibration curves for thermistors. Deep Sea Res Oceanogr Abstr. 1968;15(4):497-503. doi:10.1016/0011-7471(68)90057-0

Ancres biomédicales (dispositifs régulés réels, publications indexées)

1. Steil GM. Algorithms for a closed-loop artificial pancreas: the case for proportional-integral-derivative control. J Diabetes Sci Technol. 2013;7(6):1621-31. doi:10.1177/193229681300700623
2. Doyle FJ 3rd, Huyett LM, Lee JB, Zisser HC, Dassau E. Closed-loop artificial pancreas systems: engineering the algorithms. Diabetes Care. 2014;37(5):1191-7. doi:10.2337/dc13-2108

IHM & Monitoring de systèmes bio-acquis

Ouvrage de référence

1. Webster JG, Nimunkar AJ, editors. Medical Instrumentation: Application and Design. 5th ed. Hoboken (NJ): Wiley; 2020. ISBN 978-1-119-45733-6.

Articles fondateurs sur les alarmes de monitoring (revue de synthèse, puis étude quantitative)

1. Cvach M. Monitor alarm fatigue: an integrative review. Biomed Instrum Technol. 2012;46(4):268-77. doi:10.2345/0899-8205-46.4.268
2. Drew BJ, Harris P, Zègre-Hemsey JK, Mammone T, Schindler D, Salas-Boni R, et al. Insights into the problem of alarm fatigue with physiologic monitor devices: a comprehensive observational study of consecutive intensive care unit patients. PLoS One. 2014;9(10):e110274. doi:10.1371/journal.pone.0110274

Pont avec le cours de régulation (un dispositif bouclé réel et ses alarmes)

1. Doyle FJ 3rd, Huyett LM, Lee JB, Zisser HC, Dassau E. Closed-loop artificial pancreas systems: engineering the algorithms. Diabetes Care. 2014;37(5):1191-7. doi:10.2337/dc13-2108

Référence normative

1. International Electrotechnical Commission. IEC 60601-2-19: Medical electrical equipment — Part 2-19: Particular requirements for the basic safety and essential performance of infant incubators. Geneva: IEC; 2020.

Instrumentation médicale

Etude des principaux circuits constituant les appareils médicaux classiques et leurs applications médicales. (appareils de perfusion, respirateur, appareils de surveillance des paramètres vitaux, électrochirurgie, équipements de dialyse, ...)

Gestion assistée par ordinateur

Théorie: Introduction à la maintenance en milieu hospitalier

• Type et forme de maitenance
• Description des équipements médicaux et inventaire
• Planification d'un programme de maintenance
• L'outil en milieu hospitalier: GMAO et évaluation de la performance.

Partie pratique: Mise a disposition d'un logiciel de GMAO "Carl Source" via un expert .

• Utilisation et personnalisation de l'outil par un biotechnicien
• Simulation de cas pratique et fonctionnalité de l'outil.

Techniques de mise en service et de dépannage 2

Apprentissage des techniques de contrôle, de diagnostic et de résolution de problèmes techniques et/ou applicatifs sur les dispositifs médicaux (sur base de la matière dispensée dans le cours d’instrumentation médicale)

Instrumentation médicale

Les documents devant être mis à jour chaque année, ils seront disponibles sur le cours en ligne Moodle dans une section nommée bibliographie.

Gestion assistée par ordinateur

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Techniques de mise en service et de dépannage 2

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Principes d’anatomie et de physiologie humaine – Gerard J. Tortora, Bryan Derrickson – 2007, 4ème édiUon, De boek édiUons, 1376p.
Marieb's Essen- Benjamin Cummings – 2004, 4ème édiUon, Pearson educaUon

UE3-Bases physiques des méthodes d'exploration- Peretti P, Idy-Peretti I, Chaumet-RiffaudP-2010, De boeck

• ETS, Harvey, C. & Langner, D., Grammaire – Vocabulaire TOEIC®, Hachette Éducation.
• Ressources et exercices officiels de préparation au TOEIC Listening & Reading proposés par ETS Global.
• Ressources numériques, exercices interactifs et tests d’entraînement sélectionnés et communiqués par l’enseignant via Moodle.
• Supports, exercices et documents complémentaires mis à disposition dans le cadre du cours.

Ensemble des syllabi du cursus et autres lectures, sites web conseillés par le(s) promoteur(s) et enseignants de la section et informations pertinentes issues de la recherche personnelle de l'étudiant 

Les documents, les livres, les sites web... proposés et fournis par l'entreprise.

Documents ; sites web proposés par le promoteur et documents issus de la recherche documentaire effectuée par l'étudiant